В начале 20-х годов, когда еще продолжала полыхать в Таджикистане гражданская война (1917-1924 гг.), охрана границы была возложена на регулярные части Красной Армии, которые боролись с басмачами, поставлявшими из Афганистана оружие и боеприпасы для бандформирований.
19 июня 1932 года приказом ОГПУ № 355 из состава 48 Сарайского погранотряда выделена 4 Сарычашминская пограничная комендатура с местом дислокации в кишлаке Сары-Чашма, в которую вошли пограничные заставы "Чубек", "Дагана", "Бахорак", "Саригор", "Йол", "Анжирас", "Хирманджоу", "Шагон". Сарычашминская комендатура положила начало боевому пути Московского погранотряда, который неоднократно подвергался реорганизации.
1 июля 1932 года приказом ОГПУ № 286/141 Сарычашминская погранкомендатура переформирована в 13 Отдельную Шуроабадскую пограничную комендатуру, в которой дополнительно были созданы маневренная группа, взвод связи и застава "Баг".
В 1934 году штаб 13 ОПОГК передислоцирован из Сары-Чашмы в Шуроабад.
В годы Великой Отечественной войны из погранкомендатуры на фронт было откомандировано 517 человек.

20 марта 1954 года согласно приказу МВД СССР 13 отдельная пограничная комендатура переформирована в 117 пограничный отряд войск МВД Среднеазиатского округа МВД Таджикской ССР (войсковая часть 2033).
18 июня 1955 года штаб отряда был передислоцирован в поселок Московский Таджикской ССР. Штат отряда состоял: личного состава – 601 человек, лошадей верховых – 401, лошадей обозных – 28, ишаков – 60, мулов – 15, собак розыскных – 8, собак сторожевых – 32.
В июне 1955 года Московский погранотряд войск переформирован из 2 в 1 категорию. В июле этого же года отряду были переданы 8 пограничных застав из Пянджского отряда. В итоге штатная численность Московского отряда возросла до 1188 человек, лошадей – 418, собак – 88, ишаков – 30.
В 1957 году отряд переформирован по новому штату: 1 пограничная комендатура "Пархар", 10 пехотных застав (4 – по 64 человека, 4 – по 50, 1 – по 42 человека, 1 – резервная); 8 кавалерийских застав (6 – по 42, 1 – по 50, 1 – по 30 человек). Всего численность военнослужащих составила 1204 человека, лошадей верховых – 400, обозных – 62, ишаков 30, собак – 89.
На основании Закона "О новом значительном сокращении Вооруженных Сил СССР" от 15 ноября 1960 года Московский погранотряд сократили до 886 человек: 9 пехотных и 5 кавалерийских застав с уменьшением их штатов.
В 1980 году при управлении Московского пограничного отряда для руководства действиями сводных боевых отрядов на территории Афганистана была создана Оперативная группа КСАПО в составе 7 человек во главе с заместителем начальника войск КСАПО.
В 1989 году в пограничном отряде сформирована 2 пограничная комендатура «Шуроабад» с местом дислокации посёлок Шуроабад. В 1996 году 2 пограничная комендатура «Шуроабад» передислоцирована в посёлок Йол и получила наименование – 2 пограничная комендатура «Йол»
27 октября 2000 года Московский погранотряд был сформирован по новым штатам.
За время существования Московского пограничного отряда государственными наградами удостоено более 3 тысяч человек, из них орденами свыше 300. Капитан Ф.Ф. Чепурин в годы Великой Отечественной войны удостоен звания Героя Советского Союза. 11 пограничникам в годы гражданской войны в Таджикистане (1992 – 1997 гг.) присвоено звание Героя Российской Федерации.
Командиры части:
Ахунов М.У. - 1932 - 1933 гг.
Герасимов Н.Ф. - 1933 - 1935 гг.
Бондаренко И. Н. - 1935 - 1937 гг.
капитан Пименов М.Л. - 1937 - 1939 гг.
Майор Усанов – 1939 – 1942 гг.
Капитан Лапчевский С. – 1942 – 1943 гг.
Подполковник Ярцев – 1943 – 1946 гг.
Подполковник Иванов В. И. – 1946 – апрель 1948 гг.
Майор Цуканов Л. П. – апрель 1948 – 1949 гг.
Подполковник Митраков 1949 - август 1951 гг.
Майор Колесник Никон Игнатьевич – август 1951 – октябрь 1953 гг.
Подполковник Рысев Александр Андреевич – ноябрь 1953 – март 1954 гг.
Подполковник Короткий Иван Степанович – апрель 1954 – 1962 гг.
Полковник Есенин В.К. – 1962 – 1972 гг.
Подполковник Синюткин – 1972 – май 1974 гг.
Полковник Михалин Николай Иванович – май 1974 – 1977 гг.
Подполковник Давыдов Д.В. – 1977 – май 1982 гг.
Подполковник Кононенко Александр Иванович – май 1982 – январь 1984 гг.
Полковник Чечулин Анатолий Терентьевич – февраль 1984 – сентябрь 1987 гг.
Полковник Валиев Мансур Масгутович – сентябрь 1987 – октябрь 1991 гг.
Подполковник Голинко Владимир Васильевич – октябрь 1991 – август 1992 гг.
Полковник Масюк Василий Кириллович – сентябрь 1992 – июль 1995 гг.
Полковник Золотухин Виктор Николаевич – август 1995 – ноябрь 1998 гг.
Полковник Костюченко Александр Петрович – ноябрь 1998 – август 2001 гг.
Подполковник Кондрашов Виктор Викторович – август 2001 г. – 2002 г.
Полковник Шабас Алексей Алексеевич - 2002 - июль 2005 гг.
Московский пограничный отряд был расформирован в июле 2005 года
Годовой праздник (День части) Московского пограничного отряда установлен приказом НКВД СССР от 12 декабря 1940 года в честь выборов в Верховный Совет Таджикской ССР и формирования отдельной Шуроабадской комендатуры – 24 июня.
15 апреля 1932 года Постановлением ЦИК СССР, Грамота № 190, формировавшейся части вручено Боевое Знамя 13 опогк войск НКВД, как символ воинской чести, доблести и славы, как напоминание каждому из бойцов и командиров части об их священном долге преданно служить Родине, защищать ее мужественно и умело, отстаивать от врага каждую пядь родной земли, не щадя своей крови и самой жизни.
20 ноября 1943 года вручена Грамота Президиума Верховного Совета СССР для Красного Знамени 13 опогк войск НКВД СССР,
После реформирования 13 опогк в 117 пограничный отряд вручено Красное Знамя «117 пограничный отряд Комитета Госбезопасности» (исторический формуляр 117 пограничного отряда, раздел VIII, л. 20)
Служебно-боевая деятельность Московского пограничного отряда в течение 73 лет характеризовалась сложной и напряженной динамикой. В 20-30-е годы она проходила в условиях борьбы с басмаческими отрядами, в годы Великой Отечественной войны – в борьбе с диверсантами и изменниками Родины, в 50-70-е годы – в относительной стабилизации, в 80-е годы – в усиленной охране государственной границы и участием в боевых действиях в Афганистане, в 90-е годы – в защите государственной границы, военных городков и опорных пунктов от нападений незаконных вооруженных формирований Объединенной таджикской оппозиции.
В настоящее время наиболее дестабилизирующим фактором обстановки являлась высокая активность преступных группировок, предпринимающих попытки контрабандной переправы наркотических средств из Афганистана в Таджикистан. В 2002 году на участке Московского пограничного отряда было изъято 4164 кг наркотических средств, что составило 76,3% от общего числа наркотиков, задержанных на участке всей Пограничной группы.
В 20-30-е годы в Таджикистане главным направлением в служебно-боевой деятельности войск ГПУ и пограничников являлась борьба с басмачеством, которые хотя и были в основном разгромлены, однако небольшие басмаческие отряды продолжали терроризировать местное население, убивали активистов, учителей, врачей, представителей органов власти. Поэтому на пограничников в эти годы возлагалась большая ответственность по ликвидации бандформирований. При этом защитники границ проявляли отвагу и героизм. Так, летом 1932 года начальник пограничной заставы "Чубек" Шуроабадской комендатуры М.М. Шапуцко обнаружил банду басмачей в количестве 35 человек и с группой пограничников вступил с ней в бой, в ходе которого он и его коновод были ранены и в бессознательном состоянии захвачены в плен. Басмачи подвергли пыткам пограничников, выкололи им глаза и, не добившись от них никаких сведений, изрубили клинками.
15 сентября 1933 года в Яхчи-Соре Даштиджумского района бандитская шайка, численностью 150 человек, возглавляемая мулло Абдурахманом грабила местное население. Для ее ликвидации был сформирован сводный отряд из 18 пограничников и 10 членов бригад содействия под командованием начальника заставы "Шагон" Шуроабадской комендатуры С.Абрамова. При переправе басмачей через Пяндж шайка была ликвидирована, и только незначительная ее часть скрылась в Афганистане. Всего с 1935 по 1940 гг. на участке Шуроабадской комендатуры было задержано более 800 нарушителей границы, ликвидировано 8 басмаческих банд, общей численностью более 300 человек.
В годы Великой Отечественной войны из Шуроабадской комендатуры в действующую армию было отправлено 517 пограничников. Тем не менее, несмотря на большое сокращение личного состава, пограничники в эти тяжелые годы на участке комендатуры задержали 285 нарушителей государственной границы.
За мужество в боях с немецко-фашистскими захватчиками при взятии Берлина капитану Ф.Ф. Чепурину, ушедшему на фронт с должности начальника заставы Шуроабадской комендатуры, было присвоено звание Героя Советского Союза.
Боевая и служебная деятельность пограничников части в послевоенный период характеризуется все возрастающим мастерством личного состава, повышением бдительности и боевой выучки пограничников, боевой готовности подразделений. На рассвете 1 мая 1960 года пограничники заставы "Кокуль" рядовые Курмачев и Хамдамов обнаружили на большой высоте перелет государственной границы американским самолетом-разведчиком У-2. Дежурный по заставе рядовой Баруздин передал донесение в штаб отряда. Высокая бдительность военнослужащих способствовала тому, что самолет- шпион У-2 был сбит советскими ракетчиками под Свердловском, а вышеназванные пограничники были награждены медалью "За отличие в охране государственной границы".
С 1980 по 1989 гг. пограничники Московского погранотряда, кроме охраны государственной границы, выполняли также служебно-боевые задачи и в Афганистане, неся службу в усиленном режиме. Пограничники в эти годы становились непреодолимой преградой для афганских моджахедов на самых угрожаемых направлениях. Образцы мужества и самоотверженности показали бойцы сводных боевых отрядов "Хоун", "Сеабдашт", "Калай-Куф", "Новобад", "Дархад", "Чахи-Аб".
4 апреля 1987 года в районе развалин Ивалк была десантирована разведывательно-поисковая группа в составе 22 человек, вооружение стрелковое, с задачей осуществления контроля за режимом государственной границы и ведения войскового наблюдения за сопредельной территорией во главе с начальником огневой подготовки отряда майором А.А. Мельником и офицером разведотдела майором И.Е. Долговым. В ночь с 8 на 9 апреля моджахеды в составе не менее 60 человек с групповым оружием скрытно, заняв господствующие высоты вокруг расположения РПГ, перешедшей на ночь к обороне, произвела внезапный обстрел и нападение на пост непосредственного охранения и ядро группы. В период развертывания и подготовки к нападению при занятии господствующих высот бандиты были обнаружены часовым поста, который осветил местность, и подал сигнал "К бою". В ходе боевых действий бандиты неоднократно переходили в атаку. Бой продолжался в течение трех часов, после чего бандиты отошли на афганскую территорию. При осмотре места боевых действий обнаружено 5 убитых афганских бандитов. Не обошлось без потерь и среди пограничников – погибли рядовой А.П. Куркин и рядовой Р.З. Ямилов.
Всего в годы афганской войны погибло 47 пограничников Московского отряда. Было задержано 202 нарушителя государственной границы и 2880 нарушителей пограничного режима.
В начале 90-х годов после развала СССР в Таджикистане начали происходить сложные внутриполитические, межнациональные и межрегиональные процессы, которые в конечном итоге переросли в гражданскую войну. Тем не менее, российские пограничники, перешедшие под юрисдикцию России, по просьбе политического руководства Таджикистана продолжали нести службу по охране таджикско-афганской границы, отражая нападения незаконных вооруженных формирований. Мужество и героизм были проявлены пограничниками Московского пограничного отряда на 12 пограничной заставе, на постах "Тург", "Сунг", "Шахты", "Доска Почета", "Меркурий" и др. Только в 1994 году пограничные наряды, заставы и посты 356 раз подвергались обстрелам, из них: со стороны Афганистана – 326, со стороны Таджикистана – 30 раз.
Всего за годы гражданской войны в Таджикистане погибло 57 пограничников Московского погранотряда и 103 – ранено. Нашли свою смерть на подступах к оборонительным рубежам пограничных опорных пунктов и сотни бандитов.
За мужество и героизм шести пограничникам 12-й заставы было присвоено звание Героя Российской Федерации: рядовому С.Борину (посмертно), сержанту С.Евланову, сержанту В.Елизарову (посмертно), лейтенанту А. Мерзликину, сержанту С. Сущенко (посмертно), рядовому И.Филькину (посмертно). 29 пограничников награждены орденом "За личное мужество", 17 – удостоены медали "За отвагу". Сама 12-я застава Московского погранотряда ныне именуется "12-я пограничная застава имени 25 героев". По итогам боестолкновения на посту "Тург" 18 августа 1994 года пятеро пограничников удостоены звания Героя Российской Федерации: рядовой О.Козлов, старший лейтенант С.Медведев, лейтенант В.Токарев (посмертно), младший сержант Н.Смирнов (посмертно), лейтенант О.Хмелев. Имя Героя Российской Федерации младшего сержанта Николая Смирнова присвоено 2-ой заставе ДШМГ Московского пограничного отряда. И зачислено в списки войсковой части 2033 (приказ командира части от 12.08.99г. № 187)
В 1999 году генерал-лейтенант Чечулин Анатолий Терентьевич, возглавлявший Московский пограничный отряд в 1984 – 1987 гг., зачислен Почётным военнослужащим войсковой части 2033 (приказ ДФПС РФ от 27.05.99г. № 291, приказ командира в/ч 2033 от 08.07.99г. № 142)
Две пограничные заставы являются именными – 13 застава пограничного отряда, носящая имя младшего сержанта Н.В.Смирнова, и 12 застава «Имени 25 героев».
За 73 года существования Московского пограничного отряда государственными наградами удостоено более 3 тысяч человек, из них орденами – свыше 300. Капитан Чепурин Ф.Ф. удостоен звания Героя Советского Союза, 11 пограничникам присвоено звание Героя Российской Федерации.
В 1957 году за образцовое несение по охране государственной границы и в связи с 25 летием Московский погранотряд награждён Почётной грамотой Президиума Верховного Совета Таджикской ССР. Аналогичными Почётными Грамотами пограничный отряд награждён также в 1964, 1972 гг.
За высокие показатели в служебно-боевой деятельности Московский погранотряд в 1958-1960, 1964, 1969, 1971, 1976, 1977 гг. награждался переходящим Красным Знаменем ЦК КП Таджикистана и Совета Министров Таджикской ССР, в 1978 году – переходящим Красным Знаменем ЦК ВЛКСМ. В 1968 году в связи с празднованием 50-летия ВЧК-КГБ часть награждена юбилейной медалью "50 лет ВЧК-КГБ".
В 1977 году в честь 60-летия Великой Октябрьской социалистической революции отряд награждён юбилейной Грамотой КГБ при Совете Министров СССР.
За успешное выполнение боевых заданий по оказанию интернациональной помощи Республике Афганистан, мужество и отвагу, проявленные личным составом воинских частей САПО КГБ СССР, высокие показатели в деле обеспечения государственной безопасности страны Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 мая 1989 года Московский погранотряд награжден орденом Красного Знамени.

За высокие показатели в оперативно-служебной деятельности и проявленный высокий профессионализм по итогам 1998, 1999, 2000 и 2001 года Московский пограничный отряд решением Коллегии ФПС России признан лучшим соединением Федеральной пограничной службы Российской Федерации, и ему было вручено Переходящее Знамя «Лучший пограничный отряд ФПС России».
Славный путь прошел за 73 года Московский пограничный отряд, личный состав которого, несмотря на тяжелейшие трудности, с честью выполнял и выполняет свои служебно-боевые задачи, активно ведет борьбу с террористическими группировками, контрабандой оружия и наркотических средств.
В соответствии с Соглашением между Российской Федерацией и Республикой Таджикистан «О правовом статусе Пограничных войск Российской Федерации, находящихся на территории Республики Таджикистан (от 25.05.93г.) и «О сотрудничестве по пограничным вопросам» (от 16.10.04г.) в июне – июле 2005 года участок границы Московского пограничного отряда передан КОГГ РТ, в том числе:
1 военный городок управления пограничного отряда
Две пограничные комендатуры «Пархар» и «Йол»
15 пограничных застав – «Кокуль», «Кызыл-Су», «Комсомол», «Пархар», «Калай-Пучкак», «Саяд», «Акмазар», «Чубек», «Дахана», «Бахорак», «Баг», «Имени 25 героев», «Йол, имени Н.В.Смирнова», «Хирманджоу», «Шагон»
Пост пограничного контроля «Фархор-Кокуль»
10 пограничных постов
12 июля 2005 года был спущен государственный флаг РФ на территории Московского пограничного отряда.
Приказ Директора ФПС о расформировании отряда № 0195 от 16.06.05.
.